השניה היא שמירה על סטריליות –כאמור מטרתו של טיפול שורש הוא ניקוי התעלות . אנחנו לא מעוניינים שרוק וחיידקים יחדרו לתעלות המטופלות . חדירה של חיידקים אל התעלות תוך כדי טיפול עלולה להוביל לכישלון הטיפול וצורך בטיפול שורש חוזר ( חידוש טיפול שורש ) . ולכן אנחנו מבודדים את השן מחלל הפה ובצורה כזאת יכולים לעבוד בתנאים סטריליים .

משתי סיבות אלו הן משרד הבריאות כאמור והן איגודים בינלאומיים  בתחום טיפולי שורש ,לא רק ממליצים על שימוש בסכר גומי בטיפולי שורש אלא מגדירים שימוש בסכר גומי כסטנדרט עבודה מקובל שאין לרדת ממנו.

אך קיימים יתרונות נוספים לשימוש בסכר גומי בעת טיפול שורש:

הרופא לא "מטייל" בתוך הפה שלך. מכשירים לא נוגעים בלשון ובחיך , לא מעוררים בחילה או רפלקס הקאה , אין פציעה של רקמות רכות תוך כדי טיפול , אין טעמים שמקורם בחומרים שונים . מסיבות אלו הרבה מטופלים חווים תחושת בטחון בשימוש בסכר גומי . 

סכר גומי גם מקל על פתיחת הפה שיכולה להיות ממושכת במקרה של טיפול שורש